Основные рыбопромысловые водоемы Вологодской области имеют комплексное назначение и в течение многих десятилетий использовались в нуждах судоходства, гидроэнергетики, лесного хозяйства, водоснабжения, для сбора сточных вод. Это вызвало значительное изменение среды обитания рыб, в первую очередь, через загрязнение воды. По степени антропогенной нагрузки водоемы ранжируются в следующем порядке: оз. Белое и Шекснинское ВДХ (объединенные системой Волго-Балтийского водного пути), оз. Кубенское (Северо-Двинская система) и оз. Воже. Последнее можно рассматривать как фоновый водоем, так как оно находится в труднодоступной местности, вне зон интенсивной хозяйственной деятельности.
Анализ гидрохимических материалов за 1970-1980-1990-е годы показал, что всего три параметра: pH, жесткость и общая минерализация воды варьируют около одного уровня в течение этих десятилетий. Остальные же показатели качества воды, особенно в интенсивно эксплуатируемых водоемах, резко изменились, что отражает прогрессирующее органическое, токсикологическое и бактериологическое загрязнения.
Общей тенденцией является увеличение в воде разнообразия токсических веществ и распространение органического и токсикологического загрязнения по всей акватории водоемов. Увеличилось количество очагов и степень бактериального загрязнения, например, в оз. Белом зафиксировано превышение его нормы в 46 раз. Для всех водоемов характерно уменьшение прозрачности, увеличение цветности воды, повышение мутности и содержания взвесей. Происходит интенсивное накопление органических веществ, о чем свидетельствуют показатели окисляемости, биохимического потребления кислорода, многократное превышение ПДК по содержанию аммонийного азота. Это, наряду с ускорением процессов эвтрофирования, сопровождающихся заилением, периодическим «цветением» воды, привело к ухудшению годового режима всех водоемов. Дефицит кислорода отмечается не только зимой, но и в период открытой воды, а в о. Белом участились случаи массовой гибели рыб при заморных ситуациях в летне-осеннее время. В Шекснинском ВДХ расширяются площади анаэробных зон с накоплением сероводорода и метана при гниении древесины, как следствие залития неподготовленного ложа.
К настоящему времени в водоемах увеличилось содержание пестицидов, СПАВ и других опасных токсикантов. Наблюдается постоянное и значительное превышение ПДК по концентрации в воде нефтепродуктов (с зарегистрированным максимумом в оз. Белом до 80 ПДК), фенолов, тяжелых металлов (особенно, железа, меди, цинка). В Шекснинском ВДХ токсикологическая ситуация в последние годы резко ухудшилась после складирования на берегах доменного шлака с высокими концентрациями свинца, цинка, ртути, кадмия. В результате токсикологического отравления, произошла массовая гибель рыб, а грунты в этих районах стали очагами вторичного загрязнения. Высокая степень накопления тяжелых металлов отмечена также в грунтах оз. Белого, что в условиях ветрового перемешивания мелководного водоема и интенсивного судоходства также является источником вторичного загрязнения воды. В районах озера с повышенным содержанием тяжелых металлов в донных отложениях отмечаются токсикозы рыб и превышение ПДК по некоторым тяжелым металлам в их тканях и органах. В оз. Кубенском концентрация тяжелых металлов в рыбах пока укладывается в пределы принятых санитарных норм.
В целом, по уровню загрязнения оз. Белое и Шекснинское ВДХ оцениваются от умеренно-загрязненных к сильно загрязненным и классифицируются как мезосапробные водоемы с наличием полисапробных зон. Воды оз. Кубенского являются переходным от класса умеренно-загрязненных к загрязненным.
В отношении такого сравнительно чистого водоема, удаленного от центров хозяйственной деятельности, как оз. Воже, следует особо подчеркнуть обнаружение в последние годы в его воде в достаточно заметных количествах токсикантов из класса тяжелых металлов, пестицидов и наличие тяжелых металлов в тканях основных промысловых видов рыб – леща и щуки. Это свидетельствует о повсеместном загрязнении внутренних водоемов области через глобальные процессы, связанные с атмосферным переносом и подземным круговоротом веществ.
Таким образом, усиливающееся загрязнение водоемов Вологодской области в ближайшем будущем обострит проблему не только качества воды, но и качества добываемой рыбной продукции.