Проведен сравнительный анализ состояния зоопланктона трех крупных рыбопромысловых озёр Вологодской области с использованием ретроспективных данных 1970–1980-х гг. и материалов, собранных в 1990-е гг. За 20-летний период произошли значительные изменения качественных, количественных показателей и структуры зоопланктона, связанные со сменой абиотических условий данных водоёмов при загрязнении и эвтрофировании. Озёра отличаются по степени антропогенной нагрузки и рядом лимнологических особенностей. Озеро Белое площадью 1284 кв. км. средней глубиной 4.1 м, имеет круглую форму с ровной без заливов береговой линией, незначительную зарастаемость около 1% и слабый внешний водообмен, вседствие зарегулированности стока. Озёра Кубенское (417 км. кв., средняя глубина 2.5 м) и Воже (418 км. кв., средняя глубина 1,4 м) вытянутой формы с изрезанной береговой линией с заливами, неустойчивым уровневым режимом, мелеют, интенсивно зарастают, заиливаются. Озеро Белое характеризуется более высоким уровнем токсикологического загрязнения, по сравнению с оз. Кубенским. В этом плане, оз. Воже, удалённое от центров хозяйственной деятельности, можно рассматривать в качестве фонового водоёма. В то же время темпы эвтрофирования озёр Кубенское и Воже выше, чем Белого.
В условиях мелководности этих озёр определяющим абиотическим фактором формирования зоопланктона являются жёсткий ветровой и неустойчивый температурный режим. Помимо того, зарастание акваторий оз. Кубенского и Воже полупогружённой растительностью обуславливает усиление в их зоопланктонных сообществах роли зарослевого ценоза. Более разнообразен зоопланктон в оз. Кубснском – 92 вида, в оз. Белом отмечено 88 видов, а в оз. Воже – 50. Коловратки и веслоногие ракообразные по числу видов, численности и биомассе имеют большее значение в оз. Белом и Кубенском, по сравнению с Воже, где преобладают ветвистоусые ракообразные.
Наблюдается несколько общих тенденций в изменении зоопланктона озёр за рассматриваемый период. Это нарастание доли коловраток, мелких и хищных форм. Происходит сдвиг в сторону усиления роли ветвистоусых ракообразных. Так, если в 1970-е гг. в оз. Белом и Кубенском отмечено абсолютное доминирование копепод во все сезоны года, то в настоящее время периодически в летний период преобладают кладоцеры. В зоопланктоне озёр сменились доминирующие виды, упрощается структура сообществ при снижении полидоминантности.
Наиболее заметные изменения в размерной и трофической структуре зоопланктона на фоне ускорения процессов эвтрофирования обнаружены в оз. Воже. Наряду с увеличением доли мелких коловраток так и кладоцер, уменьшились модальные размеры особей в популяциях массовых видов. Сократилась доля диаптомид и доминирующая роль перешла к хищным циклопам. Получили развитие виды, свойственные эвтрофным водоёмам. В настоящее время доминирующий комплекс состоит из босмин, алён и мезоциклопсов. Ход сезонной динамики представляет собой одновершинную кривую со сдвигом максимального развития зоопланктона к осени.
Следует подчеркнуть, что изменение количественных показателей зоопланктона во всех озёрах имело аналогичный характер. Это повышение уровня развития зоопланктона в 1980-е гг. и снижение показателей в 1990-е гг. Так, в оз. Белом в 1970-е гг. средняя биомасса летнего зоопланктона составляла 1.04 г/куб. м, в следующее десятилетие повысилась до 1,43 г/куб. м, а в настоящее время снизилась до 0,9 г/куб. м. Эти показатели в оз. Кубенском в среднем по десятилетиям были 1.8 – 3,1 – 0.8 г/куб. м, в оз. Воже – 1.3 – 2,3 – 0,7 г/куб. м соответственно. Следовательно, по уровню развития зоопланктона данные озёра перешли в разряд водоёмов ниже средней кормности.
Комплексная оценка состояния зоопланктона с помощью расчета соответствующих показателей и индексов позволяет отнести крупные озёра Вологодской области в целом к мезосапробным водоёмам с наличием в оз. Белом и Кубенском бета-мезосапробных и полисапробных зон. В отношении трофического статуса на уровне развития и структуры зоопланктона рассматриваемые озёра можно классифицировать как переходные к эвтрофной стадии с разной степенью продвинутости этих процессов.