Уникальные карстовые озера расположены в пределах Мегорско-Андомского ландшафта и как «периодически исчезающие» входят в сеть особо охраняемых природных территорий Вологодской области. Формирование зоопланктонного сообщества в этих озерах определяется своеобразием водного режима и степенью их зарастания. Анализ состояния зоопланктоценоза Шимозерского, Куштозерского, Лухтозерского и Ежозерского гидрологических заказников проводился по ретроспективным материалам экспедиций 1970, 1982 гг. и по данным наших исследований в 2002 г. В настоящее время зоопланктон в исследованных озерах насчитывает 37 видов, из них 13 коловраток, 17 кладоцер и семь видов копепод. Наибольшим числом видов отличается зоопланктон Куштозера (26) и Ежозера (24) при доминировании в сообществе среди ветвистоусых ракообразных теплолюбивых форм. К структурообразующим видам относятся в Куштозере – Asplanchna priodonta, Ceriodaphnia affinis, Diaphanosoma brachyurum, Eudiaptomus gracilis, в Шимозере – Chydorus sphaericus, Polyphemus pediculus, Cyclops sp.; в Ежозере – Limnosida frontosa, Ceriodaphnia affinis, Sida crystalline, Polyphemus pediculus: в Лухтозере – Ceriodaphnia affinis. Индексы видового разнообразия (по Шеннону), рассчитанные для зоопланктона по средним количественным значениям, выше для более глубоководных Куштозера, Шимозера, Ежозера и достигают 2.1-2.3 по численности и 1.9-2.1 по биомассе. Значительно ниже показатели разнообразия зоопланктона мелководного и меньшего по площади Лухтозера, которые составляют 1.0 по численности и 1.2 по биомассе Снижение индексов разнообразия, отражающее продвинутость процессов евтрофирования, связано с упрощением сообщества и увеличением его монодоминантности.
В целом во всех исследуемых озерах доминирующей группой по численности и биомассе являются ветвистоусые ракообразные. Доля кладоцер по численности составляет в Куштозере – 48, Шимозере – 64, Ежозере – 83, Лухтозере – 96%, а по биомассе 59, 76, 90, 96% соответственно. Следует отметить разную степень доминирования массовых видов зоопланктеров, в значительной мере связанную с соотношением пелагических и зарослевых форм. Например, в Куштозере доля зарослевой формы С. affinis по численности колеблется в пределах 11-45% от общей. В более мелководном Лухтозере, где макрофиты распространены по акватории, этот вид является абсолютным доминантом и составляет до 93% от общей численности. Крупные зарослевые формы дают наибольшую биомассу, что отражается в выраженном неравномерном пространственном распределении биомасс зооплактона по акватории озер. Веслоногие ракообразные занимают наибольшую долю в Шимозере и составляют по численности 31%, а по биомассе 23% преимущественно за счет циклопов. В Куштозере среди группы копепод ведущую роль играет Heterocope appendiculata. Группа коловраток наиболее широко представлена в Ежозере (семь видов) и Куштозере (семь видов), причем в последнем доминируй хищная Asplanchna priodonta как по численности (17%), так и по биомассе (16.6%). Среди мелких форм заметную долю составляют виды рода Trichocerca (8%) и Вipalpus hudsoni (5%).
Рассчитанные индексы сходства видового состав: зоопланктона (по Жаккару, Серенсену, Вайнштейну) показали, что наиболее сходно сообщество планктон; между озерами Куштозеро-Шимозеро, Шимозеро-Лухтозеро, Шимозеро-Ежозеро, Куштозеро-Ежозеро. Это обусловлено сходными лимнологическими параметрами озер и степенью зарастания.
Сравнительный анализ состояния зоопланктона исследуемых озер с данными за 1970-1980-е гг. показал снижение средней численности и биомассы, изменение комплекса доминирующих видов, пространственной размерной и трофической структур, что в первую очередь связано с евтрофированием этих водоемов.