Каллистрат Фалалеевич Жаков родился 18 (30) сентября 1866 в деревне Давпон, пригороде Усть-Сысольска Вологодской губернии (ныне район города Сыктывкара Республики Коми). Семья происходила из коми-зырян.
В 1879 году окончил Усть-Сысольское уездное училище, в 1884 году — Тотемскую учительскую семинарию. С 1885 года работал на Холуницком заводе Вятской губернии чернорабочим.
В 1891 году поступил в Санкт-Петербургский лесной институт, но из-за тяжёлой жизни оставил его. Пытался стать монахом в Заоникиевой пустыни. Был послушником, однако был изгнан из обители за пропаганду материализма: он вздумал рассказывать братии эволюционную теорию Чарльза Дарвина.
В 1896 году Каллистрат Жаков экстерном сдал экзамены за курс гимназии. Ему шел тридцатый год, и он наконец-то мог поступать в университет. Из этих тридцати лет восемь прошли в Вологде. Здесь юноша стал зрелым мужем, здесь он переживал бурный интеллектуальный рост, здесь написал свои первые философские труды («О Боге», «О границах познания», «О бессмертии и любви»), здесь создал первую семью.
В 1896 году Жаков стал студентом физико-математического факультета Киевского университета, а через три года перевелся на историко-филологический факультет Петербургского университета. В студенческие годы серьёзно занимался научной деятельностью. Его интересы были сосредоточены в области этнографии, фольклора и языка финно-угорских народов.
После окончания Петербургского университета был оставлен на кафедре русского языка и литературы, стал приват-доцентом университета, преподавал на Черняевских курсах в Петербурге.
Начав в 1900-1901 годах как этнограф, фольклорист, лингвист, он всё большее внимание стал уделять философии. Создал своё собственное оригинальное философское учение – «лимитизм». Занимался также литературоведением, математикой, астрономией, увлекался психологией, фармакологией, геологией, археологией. Современники называли его «Зырянским Ломоносовым».
В 1902 году Каллистрат Фалалеевич Жаков успешно защищает магистерскую диссертацию «О грамматическом строе зырянского языка». В 1905 году начинает преподавательскую деятельность на общеобразовательных курсах, открытых выходцем из крестьян Вологодской губернии А. С. Черняевым. В 1908 году академик В. М. Бехтерев приглашает его читать логику в основанный им Психоневрологический институт. В 1911 году К. Жаков стал профессором этого института.
Научное наследие Жакова включает филологические работы (он подробно изучал современную ему русскую литературу), учебник логики, где наука о строе человеческой мысли изложена простым и доступным языком, философские статьи, труды по этнографии финно-угорских народов и другие исследования.
Путь в литературу К. Жаков начинал как поэт; «Зеленый сборник стихов и прозы» (1905), в который вошли его стихи, был отмечен рецензиями В. Брюсова и А. Блока. Известность получила его книга очерков «На Север в поисках за Памом Бурмортом» (1905).
Жаков публикует одно за другим свои литературные произведения: поэму «Царь Кор» (1911), автобиографическую повесть «Сквозь строй жизни» (1912—1914) в 4 частях, сборники рассказов, очерков и сказок на материале этнографии и фольклора народа коми. Особое место в творческом наследии писателя занимает большая поэма «Биармия» (1916), обобщающая мотивы и сюжеты народной эпической поэзии коми-зырян. Это своеобразный аналог всемирно известной «Калевалы», карело-финского эпоса.
О произведениях Жакова положительно отзывались Максим Горький, Александр Блок, Валерий Брюсов, Павел Бажов и другие литераторы. Он помогал закрепиться в культуре многим землякам, в том числе получившему всемирную известность социологу Питириму Сорокину.
Совершал Жаков и поездки по России с лекциями, не забывая посещать при этом связанные с воспоминаниями юности города Усть-Сысольск, Тотьму, Великий Устюг, Вологду. Так, например, в мае 1912 года он выступал в Вологде с популярными лекциями по философии, этике и литературе.
К. Ф. Жаков был разносторонним мыслителем, прошедшим эволюцию от материализма и атеизма к религиозному мистицизму. Самым большим своим достижением Жаков считал создание философского учения, именуемого им «Лимитизм», которое было своеобразной попыткой объединить философское, естественнонаучное и гуманитарное знание с религиозными представлениями.
В числе мыслителей ХХ века, на кого оказала значительное воздействие философия лимитизма, называют Николая Рериха, посещавшего лекции Жакова. Учение Жакова повлияло и на литературное творчество Александра Грина, также хорошо знакомого с Каллистратом Фалалеевичем.
После революции 1917 года К. Ф. Жаков жил в Тарту (Эстония), а с 1921 года — в Риге (Латвия), где у него в последние годы был кружок соратников-единомышленников.
Каллистрат Фалалеевич Жаков умер в Риге 20 января 1926 г. в возрасте 59 лет.
В годы советской власти имя и наследие Жакова, зачисленного в разряд эмигрантов, было предано забвению. Память о нем и его произведения начали возвращаться на родину в последние десятилетия XX века.
В декабре 1990 года прах ученого и писателя был доставлен из Латвии и погребен на Центральном кладбище Сыктывкара.
Имя Каллистрата Фалалеевича Жакова носит улица в городе Сыктывкаре (с 15.08.2000), школа № 24 города Сыктывкара, где в октябре 2001 года открыт музей имени К. Ф. Жакова.
