Непеин Алексей Сергеевич родился в 1895 году в Вологде в семье священника С. А. Непеина. Окончил Вологодскую духовную семинарию, затем медицинский факультет Московского университета (1922). Заведовал больницей в с. Хреново Вологодского уезда.

Еще учась в семинарии, под влиянием отца начал заниматься краеведением. Статьи и заметки А. Непеина печатались во многих, как столичных, так и местных периодических изданиях и касались самых разнообразных вопросов изучения края. Но преимущественное внимание Алексей Сергеевич уделял описанию церковно-археологических памятников и этнографии. В рукописи остался составленный А. Непеиным «Археологический указатель к Вологодским епархиальным ведомостям за 50 лет их существования. 1864—1914».

Алексей Сергеевич Непеин скоропостижно скончался от сыпного тифа 16 февраля 1924 года.