Внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1479.  Решение представительного собрания местного самоуправления Вытегорского района от 20.03.2003 г. №330 «О символике Вытегорского муниципального района». Флаг Вытегорского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 желто-синего цвета (верхняя, большая – желтая, нижняя, меньшая – голубая) с изображением фигур герба Вытегорского муниципального района по центру.