Внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 977.  Решение представительного собрания Усть-Кубинского муниципального района от 26.11.201 № 83 «О флаге Усть-Кубинского муниципального района». Флаг Усть-Кубинского муниципального района Вологодской области представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии.