Внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 2689.  Постановление представительного собрания Чагодощенского муниципального района от 28.02.2006 г. № 19 «О гербе и флаге Чагодощенского муниципального района». Флаг Чагодощенского муниципального района представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии.