«На Кубенском озере неподалеку от северо-западного его берега, находится маленьки остров, называемый Каменным. Эта горсть земли, как будто для того и брошена природою в бурные волны озера, чтобы служить почти единственным удобным пристанищем для плавающих. Далеко видно Каменный со всех сторон Кубенского озера. Его белеющие монастырские здания представляются как бы плавающими по гладкой поверхности вод. На самой середине острова возвышается двухэтажный пятиглавый собор Преображения Господня с примыкающими к нему с запада колокольнею и братским корпусом – остаток и памятник знаменитого в древности Спасо-Каменного монастыря» – так начинает свой рассказ о Вологодской святыне священник Иоанн Верюжский, автор жизнеописания вологодских святых.

История монастыря начинается в XIII веке. 19 августа (по новому стилю) 1260 года князь Глеб Василькович нашёл на острове спасение от гибели во время бури. В благодарность Богу построил храм во имя Преображения Спасителя для подвизавшихся здесь двадцати трёх иноков, «...и оттоле прозвася Каменной монастырь...» пишет в Сказании Паисий Ярославов, первый составитель истории Спасо-Каменного монастыря.

После победы над татарами на Куликовом поле начался духовный расцвет Древней Руси. На небосклоне Северной Фиваиды появилось яркое созвездие Вологодских святых. Среди них настоятель Спасо-Каменного монастыря Дионисий Святогорец, поставленный впоследствии Ростовским епископом. Его постриженики преподобные Дионисий Глушицкий, Пахомий Святолуцкий, Александр Куштский, Евфимий Сянжемский стали основателями новых обителей. Около этого же времени подвизались в монастыре почивающие в нем угодники Божии Пётр Каменский и Василий Каменский Христа ради юродивый. Во время жестоких междоусобных войн в 1447 году великий князь Василий Васильевич Тёмный, свергнутый с престола и ослеплённый князем Димитрием Шемякой, приезжал в Спасо-Каменную обитель на богомолье. Игумен Евфимий благословил Василия Тёмного на продолжение борьбы за власть: «Иди, Государь, в желаемый путь твой на великое княжение, и Бог устроит твоё шествие».

Под руинами Спасо-Преображенского собора в южном пределе покоятся мощи местночтимого святого игумена Кассиана.

Во время его настоятельства в Спасо-Каменном монастыре принял постриг преподобный Иоасаф, сын Заозерских князей. Пять лет длилась его монашеская жизнь. «Была она непродолжительна, но прекрасна и исполнена добродетелей и совершенств духовных». После смерти от мощей преподобного Иоасафа происходили чудесные исцеления.

Спустя два века после основания монастыря, на острове случился пожар. Погибли в огне древние храмы. На озере разыгралась буря. Пытаясь спастись в ладьях, многие монахи утонули. Уцелевшая братия и настоятель собрали остатки мощей преподобного Иоасафа в ковчежец.

Сын Василия Васильевича Тёмного, князь Андрей Меньшой, поставил в 1481 году на месте сгоревшего деревянного каменный Спасо-Преображенский собор. Это было первое каменное сооружение всего Северного края.

В 1528 году приезжал на остров Каменный великий князь Василий Иоаннович со второй супругой Еленой Глинской. Они молились о чадородии. Великий князь оставил милостыню братии – 60 рублей на построение тёплой церкви во имя Успения Божией Матери. Через четыре года у них родился сын – будущий царь Иван Грозный.

По описи 1670 года на острове располагались три каменных храма. Внутренность Спасо-Преображенского собора отличалась особым великолепием и необыкновенным множеством икон. На колокольне было десять колоколов. В ризнице хранились напрестольные евангелия, украшенные бархатом и серебром, священнические облачения, вышитые жемчугом, в библиотеке хранились 364 книги, из них шесть древних рукописных на пергаменте. Число братии и прочих насельников составляло 93 человека. В вотчинах монастыря насчитывалось семь сел, четыре сельца и 98 деревень, а «в них 819 душ крестьян мужескаго пола». Таким было состояние знаменитого Спасо-Каменного монастыря во второй половине XVII века.

Реформы Петра Великого привели к экономическому упадку монастырей.

После страшного пожара в 1774 году указом Синода Спасо-Каменный был упразднен. От огня пострадали древние каменные храмы. Сгорел деревянный ряж (берегоукрепительное сооружение) и стоявшие на нем кельи. Ковчег с мощами преподобного Иоасафа, настоятеля и братию перевели в Вологду в Свято-Духов монастырь. Туда же была отправлена и ризница обители.

После 26 лет запустения по ходатайству местных жителей обитель была восстановлена с наименованием Спасо-Преображенской Белавинской пустыни.

Во время нашествия Наполеона нашли здесь убежище московские монахи. Ими был устроен братско-настоятельский корпус и прекрасный иконостас в Успенском храме.

С разрешения епархиального начальства в 1876 году на острове устроили спасательную станцию. Братия вместе с матросами оказывала помощь терпящим бедствие людям летом и зимой. Для подачи звукового сигнала в туман, метель и тёмное время суток в Санкт-Петербурге был отлит именной колокол весом около 5-ти тонн.

В 1870 году Великий князь Алексей Александрович в сопровождении генерал-адьютанта Посьета посетил древнюю обитель. Неоднократно бывал и служил в монастыре св. прав. Иоанн Кронштадтский.

В 1925 году монастырь закрыли, а через 10 лет взорвали Спасо-Преображенский собор.

По инициативе архитектора-реставратора Александра Алексеевича Асафова в 1991 году началась реставрация храмов ансамбля Спасо-Каменного монастыря. Производственными работами руководил Александр Николаевич Плигин – беззаветный хранитель Каменного.

В 2004 году А. Н. Плигин скончался и был похоронен на местах своих трудов, в Спасо-Каменном монастыре.

В 2006 году по благословению архиепископа Вологодского и Великоустюжского Максимилиана образовано «Архиерейское подворье «Спасо-Каменный монастырь» в составе Вологодской епархии. Возрождение монастыря продолжается. В 2010 году древней обители исполняется 750 лет.